順治期，前明長平公主（獨臂神尼）為實現反清復明，利用朝廷尋訪忠臣遺孤孔四貞之機，命才智過人、武功高強的愛徒嘉三假冒遺孤，潛入宮中，伺機暗殺順治。嘉三進宮後深得孝庄皇太后的愛護，被收為義女並加封為和碩公主，深宮大內看似繁華，卻步步凶險，她幾經劫難，終憑自己的智慧和太后的庇護贏得了順治的信任。同時，在悉心照顧玄燁（康熙）的過程中，對這位未來的千古聖君產生了深厚的感情。正當她在猶豫如何殺順治之時，順治愛妃董小宛重病不治，順治“駕崩”，玄燁即位，稱康熙帝。
康熙即位，危機重重。螯拜意欲篡權逼宮，平西王吳三桂在西南蠢蠢欲動，假冒的孔四貞協助康熙鏟除螯拜，度過了難關。兩人亦逐漸深鎖情緣。大婚在即，兵權在握的封疆大吏孫延齡要挾朝廷，稱與孔四貞有指腹婚約希望履行。與此同時，康熙結交的民間志智士伍次友巧遇心儀已久的孔四貞，然而她卻是獨臂神尼隱匿的真正的孔家遺孤......紛繁的情結將如何解開？
